Comme bien des îles de la Gironde, Margaux a connu des heures sombres : tempêtes dévastatrices, crues mémorables (notamment en 1873 et 1952), puis la quasi-disparition du travail agricole après les années 1970. Pourtant, depuis le milieu des années 1990, l’île connaît une nouvelle vie. Elle fut rachetée, progressivement replantée et restructurée dans le respect de ses spécificités géographiques.
Les vignes de l’île Margaux — approchant aujourd’hui 14 hectares (source : Château de l’Île Margaux) — bénéficient d’une conduite raisonnée, parfois biologique, et d’une notoriété discrète, presque confidentielle. Les tentatives de valorisation par l’œnotourisme, l’accueil de visiteurs et la transmission d’un certain art de vivre insulaire tranchent avec le passé industrieux et agricole de l’île.
L’agriculture s’y est adaptée, les expérimentations y sont fréquentes : essais de cépages résistants, observation des variations d’influence saline, gestion fine du niveau de la nappe phréatique. L’île se fait alors laboratoire, conservatoire et ambassadeur des singularités viticoles de l’estuaire.