Vignes, maïs, peupliers, prairies humides : plus de 50 % du territoire autour de l’estuaire est lié à l’activité agricole (DRAAF Nouvelle-Aquitaine). Sous l’apparence d’un paysage paisible se cache une exploitation intensive, très consommatrice d’eau et de produits phytosanitaires.
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Irrigation massive : La sécheresse estivale pousse parfois à pomper dans le fleuve, au détriment du débit naturel et des poissons migrateurs.
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Fragmentation du territoire : Routes et aménagements séparent les zones humides, rendant difficile la circulation des mammifères (loutre, cistude).
La pêche, longtemps pilier de la vie locale, subit aussi la raréfaction du poisson et la réglementation accrue. Moins de 1000 tonnes de poissons migrateurs (lamproie, alose, civelle) sont prélevées chaque année, contre plus de 4000 dans les années 1950 (Observatoire Poissons Migrateurs). Les carrels (filets traditionnels sur pontons) se font rares, et la relève tarde à venir, faute de ressource et d’attractivité économique.
Enfin, l’urbanisation, même modérée, modifie la physionomie de certains villages estuariens. Cabanes réhabilitées en résidences secondaires, ports de plaisance agrandis, multiplication des voies d’accès bouleversent la faune et la flore locale, en particulier dans les zones humides sensibles.